باشگاه فوتبال استقلال تهران در فصل ۹۶–۱۳۹۵ هفتادمین سال فعالیت باشگاه فوتبال استقلال تهران در مسابقات فوتبال ایران و شانزدهمین حضور متوالی این تیم در لیگ برتر فوتبال ایران بود. پیش از شروع مسابقات این فصل پرویز مظلومی پس از فصل هدایت استقلال از سمت خود برکنار و علی‌رضا منصوریان جایگزین او شد. در این فصل شانزدهمین دورهٔ رقابت‌های لیگ برتر فوتبال ایران (جام خلیج فارس) برگزار شد و تیم استقلال در شانزدهمین حضور خود در این رقابت‌ها به مقام نایب‌قهرمانی رسید.

سی‌امین دورهٔ جام حذفی فوتبال ایران در این فصل برگزار شد. استقلال برای بیست‌ و هشتمین بار در این مسابقات شرکت کرد و از نیمهٔ نخست مهر ۱۳۹۵ وارد این رقابت‌ها شد[۱] و تا مرحلهٔ ‌یک چهارم نهایی پیش رفت، اما در این مرحله در مقابل تیم نفت تهران مغلوب شد و از ر این رقابت‌ها کنار رفت.

در لیگ قهرمانان آسیا، استقلال با توجه به کسب رتبهٔ سوم لیگ خلیج فارس در فصل گذشته و کاهش سهمیهٔ ایران در لیگ قهرمانان آسیا، در بازی پلی‌آف در ۱۹ بهمن ۱۳۹۵ به مصاف تیم السد قطر رفت و با پیروزی در ضربات پنالتی به مرحلهٔ گروهی این رقابت‌ها صعود کرد.[۲] استقلال در مرحلهٔ گروهی در رتبهٔ دوم جای گرفت و به دور حذفی صعود کرد، اما در ‌هشتم نهایی در مجموع بازی‌های رفت و برگشت، مغلوب العین امارات شد و از دور رقابت‌ها کنار رفت.

استقلال در این بازی نمایش خیره‌کننده‌ای داشت و به عقیدهٔ کارشناسان بهترین بازی استقلال تا آن‌جای فصل بود.[۲۶][۲۷] استقلال نیم‌فصل اول را در رتبهٔ هفتم به پایان رساند. در نیم‌فصل بختیار رحمانی، آرش افشین، محمدامین حاج‌محمدی و میثم مجیدی که نتوانستند در استقلال بدرخشند از این تیم جدا شدند.[۲۸][۲۹][۳۰][۳۱] استقلال در نیم‌فصل با آندرانیک تیموریان و سرور جپاروف قرارداد بست، اما در هنگام تلاش برای ثبت آی‌تی‌سی برای جپاروف متوجه شدند که از نقل و انتقالات محرومند.[۳۲][۳۳][۳۴] هم‌چنین استقلال با سجاد شهباززاده برای بازگشت به این تیم به توافق رسیده بود.[۳۵] تیموریان بعد از این اتفاقات به نفت تهران پیوست[۳۶] و جپاروف هم به صورت قرضی و تا پایان فصل به سپاهان اصفهان رفت.[۳۷] ماجرای محرومیت استقلال و در ادامه تراکتورسازی تبریز، رسوایی عجیبی برای فدراسیون فوتبال ایران و باشگاه استقلال بود. استقلال که به خاطر عدم پرداخت مطالبات عادل شیحی آن هم به مبلغ فقط ۴۷ هزار دلار محکوم به این محرومیت شده بود، نامه‌ای تحریف شده از سوی فدراسیون دریافت کرده بود. در حالی که فیفا اعلام کرده استقلال از نقل‌وانتقالات بعدی محروم است، فدراسیون فوتبال ایران ترجمه‌ای تحریف شده از این نامه را برای باشگاه استقلال فرستاد که در آن ذکر شده بود استقلال هنوز محروم نشده و در صورت عدم پرداخت مطالبات این بازیکن محروم خواهد شد.[۳۸][۳۹] روزبه چشمی هافبک استقلال هم که پیش از شروع فصل به دلیل مصدومیت از فهرست استقلال کنار گذاشته شده بود تا در نیم‌فصل به این تیم اضافه شود، به دلیل محرومیت استقلال نتوانست در نیم‌فصل دوم برای این تیم بازی کند.[۴۰]

نیم‌فصل دوم با جوان‌گرایی استقلال و منصوریان ادامه پیدا کرد. آن‌ها توانستند در بازی برگشت مقابل نفت تهران، این تیم را در ورزشگاه تختی شکست دهند. هر چند در بازی بعدی مقابل استقلال خوزستان شکست خوردند، اما در بازی با صنعت نفت آبادان توانستند برای اولین بار با اختلاف ۳ گل پیروز شوند. این بُرد شروع روند ۵ پیروزی پیاپی استقلال بود که در تای آن، توانستند ۳ گل به تیم حریف بزنند. از جمله بازی برگشت شهرآورد تهران. استقلال بعد از پنج سال توانست تیم پرسپولیس را در دربی شکست بدهد. آن‌ها در حالی در این مسابقه به پیروزی رسیدند که کارشناسان شانس کمی برای پیروزی تیم منصوریان در این بازی می‌دیدند.[۴۱] پرسپولیس صدرنشین که تا آن هفته در مجموع فقط ۵ گل دریافت کرده بود، در یک نیمه ۳ گل از استقلال منصوریان خورد تا دومین باخت فصل تیم و اولین باخت فصلشان در ورزشگاه آزادی رقم بخورد.[۴۲] مهدی رحمتی که در دقایق پایانی بازی با دریافت کارت زرد دوم، از بازی اخراج شد، به خاطر حواشی پیش‌آمده در ثانیه‌های پایانی و بعد از بازی، از سوی کمیته انضباطی از حضور در ترکیب تیم استقلال محروم شد. اعتراض باشگاه به این حکم هم نتیجه‌ای در برنداشت.[۴۳] با این حال وکیل مهدی رحمتی معتقد بود که محرومیت وی غیرقانونی بوده است.[۴۴] استقلال با این پیروزی‌ها توانست به ردهٔ سوم جدول صعود کند.

بازیکنان باشگاه استقلال قبل از بازی برگشت با تیم سایپا در اعتراض به پرداخت نشدن مطالباتشان دست به اعتصاب زدند و تمرین نکردند. این تیم بدون تمرین به مصاف سایپا رفت و موفق شد ۲ بر ۱ سایپا را شکست دهد.[۴۵] با قول‌هایی مسئولان باشگاه به بازیکنان دادند، آن‌ها برای بازی با لوکوموتیو ازبکستان به تمرینات بازگشتند. اما دوباره پیش از عید نوروز ۱۳۹۶ با محقق نشدن وعده‌های قبلی به صورت دسته‌جمعی تمرین نکردند و علیه هیئت مدیره شعار دادند. باشگاه پیش از تعطیلات عید به بازیکنان بسته‌هایی داد که شامل شامپو، روغن و وسایل بهداشتی بود.[۴۶][۴۷] پیش از شروع سال جدید، پول به حساب بازیکنان استقلال واریز شد و بازیکنان این تیم به تمرینات بازگشتند.[۴۸]

استقلال در آسیا کار خودش را در پلی‌آف آغاز کرد. آن‌ها در بازی پلی‌آف میزبان تیم السد قطر بودند که بازیکنانی هم‌چون ژاوی و مرتضی پورعلی‌گنجی را در اختیار داشت. این دیدار در ۹۰ دقیقه وقت قانونی و ۳۰ دقیقه وقت اضافه بدون گل و با نتیجهٔ تساوی پایان یافت و استقلال موفق شد در ضربات پنالتی این تیم را شکست دهد و به مرحلهٔ گروهی لیگ قهرمانان آسیا صعود کند. در این مرحله، استقلال در گروه A رقابت‌ها جای گرفت و با تیم‌های الاهلی امارات، التعاون عربستان و لوکوموتیو ازبکستان هم‌گروه شد. در بازی اول استقلال مهمان الاهلی بود که با نتیجهٔ ۲ بر ۱ مغلوب این تیم شد. اما در بازی بعدی موفق شد با ۳ گل التعاون عربستان را شکست دهد. در بازی سوم با نتیجهٔ ۲ بر صفر مقابل لوکوموتیو ازبکستان به برتری رسید تا صدرنشین ر رفت مرحلهٔ گروهی رقابت‌ها شود. مهدی رحمتی با کلین‌شیت در بازی مقابل لوکوموتیو به ۱۷ کلین‌شیت در بازی‌های لیگ قهرمانان آسیا رسید و از این حیث در آسیا رکورددار شد.[۴۹]

آن‌ها هم‌چنین در پایان مرحلهٔ گروهی لیگ قهرمانان آسیا دوم شدند و به مرحلهٔ بعدی صعود کردند. در مرحلهٔ ‌هشتم در ر رفت موفق شدند با تک‌گل کاوه رضایی العین امارات را شکست دهند، اما در بازی برگشت در یک بازی عجیب ۶–۱ مغلوب شدند و از ر رقابت‌ها کنار رفتند.